Le Japon se remet à grand peine de la Seconde Guerre mondiale qu’un péril gigantesque émerge au large de Tokyo. Koichi, un kamikaze déserteur traumatisé par sa première confrontation avec Godzilla, voit là l’occasion de racheter sa conduite pendant la guerre.
Plusieurs générations après le règne de César, les singes ont définitivement pris le pouvoir. Les humains, quant à eux, ont régressé à l'état sauvage et vivent en retrait. Alors qu'un nouveau chef tyrannique construit peu à peu son empire, un jeune singe entreprend un périlleux voyage qui l'amènera à questionner tout ce qu'il sait du passé et à faire des choix qui définiront l'avenir des singes et des humains...
La famille Spengler revient là où tout a commencé, l'emblématique caserne de pompiers de New York. Ils vont alors devoir faire équipe avec les membres originels de S.O.S. Fantômes, qui ont mis en place un laboratoire de recherche top secret pour faire passer la chasse aux fantômes à la vitesse supérieure. Lorsque la découverte d'un ancien artefact libère une force maléfique, les deux équipes S.O.S. Fantômes doivent unir leurs forces pour protéger leurs maisons et sauver le monde d'une seconde ère glaciaire.
Suite au kidnapping de la fille d'un puissant magnat de la pègre, un groupe de criminels amateurs pensaient simplement devoir enfermer et surveiller cette jeune ballerine afin de pouvoir réclamer une rançon de 50 millions de dollars. Retirés dans un manoir isolé, les ravisseurs commencent mystérieusement à disparaître, les uns après les autres, au fil de la nuit. C'est alors qu'ils découvrent avec horreur que la fillette avec lesquels ils sont enfermés n'a rien d'ordinaire.
Le surpuissant Kong et le redoutable Godzilla sont opposés à une force colossale terrée dans notre monde, qui menace leur existence et la nôtre. "Godzilla x Kong : The New Empire" approfondit l'histoire de ces Titans et leurs origines, ainsi que les mystères de Skull Island et au-delà, tout en levant le voile sur la bataille mythique qui a forgé ces êtres extraordinaires et les a liés à l'humanité à jamais.